Do I need an API key to use this MCP?

No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.

What kind of structures can I find?

You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.

Which AI clients can use this?

This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.

Can I search by experimental method?

Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.

How do I identify a specific structure?

You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.

What experimental methods are represented in the PDB?

The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.

Do I need authentication to access PDB data?

No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).

What information does each PDB entry contain?

Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.

An astronaut overseeing a futuristic data hub

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Connectez RCSB PDB à ChatGPT, Claude et Gemini

Configurez-le une fois et il fonctionne avec ChatGPT, Claude, Cursor et n'importe quel autre client que vous aimez. Tout s'exécute en toute sécurité en arrière-plan, pour que vous puissiez vous détendre et vous concentrer sur l'essentiel. Explorez des milliers de données moléculaires par votre agent IA.

Demandez à l'IA à propos de ce Connector

Développé, maintenu et hébergé par Vinkius.

MCP VÉRIFIÉ · PRÊT POUR LA PRODUCTION · GARANTIE VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

Votre IA fait le travail. Nous veillons dessus, en toute sécurité.

Aucun autre outil d'IA ne vous offre ça. Votre workflow s'exécute dans le client que vous aimez déjà, votre compte reste protégé, et vous décidez ce que l'agent peut ou ne peut pas faire. C'est la vraie raison de faire le pas.

Chaque Connector vit dans notre infrastructure, là où votre workflow s'exécute. Les trois choses ci-dessous en font déjà partie et travaillent discrètement en arrière-plan pour que vous n'ayez jamais à y penser. Rien à ajouter, rien à configurer, aucune inquiétude à avoir.

V8 Isolate01

Chaque Connector s'exécute dans son propre environnement scellé.

Chaque Connector s'exécute dans son propre runtime V8 scellé, sans accès à vos fichiers, à votre système ni aux autres serveurs. Un Connector ne voit jamais au-delà de sa propre requête.

Kill Switch02

Un seul interrupteur arrête tous les agents. Immédiatement.

Une seule action désactive tous les Connectors, révoque tous les tokens et termine toutes les sessions d'un coup. La Gouvernance de l'IA conserve le registre.

FinOps par utilisateur03

Des limites de dépense qui s'interrompent au lieu de surprendre.

Chaque utilisateur garde ses propres connexions et identifiants, isolés de ceux des autres. Ce qui dépasserait votre limite de dépense est stoppé et mis en attente de votre approbation, pas facturé.

Trois contrôles, intégrés à la couche par laquelle votre IA se connecte.

Sélection · 2 capacités

Nous ne livrons que les actions qui comptent.

Ensemble de capacités01 / 01

01-02

2 capacités dans cet ensemble.

Sur 2 disponibles via RCSB PDB.

01
Obtenir une structure PDB
Récupérez les détails structurels complets à partir d'un code PDB de 4 caractères (ex: 1HHO, 6LU7).
02
Rechercher dans le PDB
Recherchez parmi 220 000 structures pour obtenir l'ID, le titre, la méthode (Rayons X, Cryo-EM, RMN), la résolution et les ligands.

Travail réel

Ce que les équipes font tourner

Target Identification

Search for protein structures associated with specific diseases to begin research.

Ligand Screening

Find co-crystal structures to identify how specific molecules bind to a target protein.

Method Comparison

Query different experimental methods like Cryo-EM or X-ray to compare structural resolutions.

Data Verification

Check the resolution and authorship of a specific PDB entry via your agent.

Automatisez une tâche

Mettez RCSB PDB au travail sur une chose.

Des automatisations étape par étape que votre IA exécute via ce Connector : le flux, les prompts pour démarrer et les capabilities exactes derrière chaque étape.

Un connector, toutes les IAs

RCSB PDB fonctionne avec les clients IA les plus populaires.

Voici les clients les plus populaires, chacun avec un guide pas à pas : un lien, configuré une fois, avec gouvernance et visibilité intégrées. Et comme tout tourne sur le standard MCP, la même connexion fonctionne aussi dans tout autre client compatible : rien à reconstruire.

Vous construisez votre propre app ? Le connector est à vous.

Vous n'avez pas besoin d'un client pour mettre RCSB PDB au travail : la même connexion hébergée se branche sur vos propres applications et le code de votre agent, avec la même gouvernance à chaque requête. Construisez avec lui, discutez avec lui : une connexion pour les deux.

Observée, pas estimée

Moyenne de 907 ms. Rapide en production.

RCSB PDB est vérifié quotidiennement contre le service en production.

Moyenne quotidiennePic à 1080 ms

3 oct.Aujourd'hui

Jour le plus rapide: 730ms
Jour le plus lent: 1080ms
Tendance sur 14 jours: En ralentissement+19%

Connectez votre client

Une URL. Tous les clients.

Activez le Connector, copiez votre lien et collez-le dans le client que vous utilisez déjà. 2 capacités arrivent prêtes à l'emploi.

Accès aperçu · pas d’authentification du fournisseur

Le jeton vk_preview_* appartient à l’infrastructure d’aperçu de Vinkius. Il permet à Claude de découvrir et d’afficher les capacités de RCSB PDB, pour que vous voyiez l’expérience dans votre IA.

Il n’authentifie pas votre compte auprès de RCSB PDB. Les actions nécessitant des identifiants ou des données de compte réelles peuvent ne pas s’exécuter tant que vous n’avez pas activé le Connector et autorisé le service.

RCSB PDB Connector

Tout est prêt. Choisissez votre client MCP et suivez les instructions de configuration.

Lien du connecteurhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp

Claude Desktop

Suivez les étapes ci-dessous pour vous connecter en quelques secondes.

1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3Click Add and start a new chat — RCSB PDB capabilities are ready to use.

Configuration · claude_desktop_config.jsonCopier

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp"
    }
  }
}

Claude
ChatGPT
Cursor
VS Code
Windsurf
Claude Code
JetBrains
Cline

Les instructions pas à pas pour chaque client sont dans le guide. Comment connecter

Configuration guidée pour Claude ? Configurer RCSB PDB avec Claude et les autres IA

Voyez tous les clients IA avec lesquels ce connector fonctionne ↑

Pour qui

Conçu pour le travail que les utilisateurs de RCSB PDB délèguent.

Ce connecteur est conçu pour les professionnels de la recherche biomoléculaire et de la pharmacologie.

01
Biologistes structuraux
Pour accéder rapidement aux métadonnées expérimentales et aux détails de résolution des structures.
02
Équipes de découverte de médicaments
Pour identifier des structures co-cristallines protéine-ligand pour le criblage virtuel.
03
Étudiants en biochimie
Pour explorer l'architecture des protéines via des structures expérimentales annotées.

FAQ

Les questions des utilisateurs de RCSB PDB.

01
Do I need an API key to use this MCP?
No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.
02
What kind of structures can I find?
You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.
03
Which AI clients can use this?
This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.
04
Can I search by experimental method?
Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.
05
How do I identify a specific structure?
You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.
06
What experimental methods are represented in the PDB?
The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.
07
Do I need authentication to access PDB data?
No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).
08
What information does each PDB entry contain?
Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.