AIを活用してタンパク質の立体構造モデルを検索する方法

AIに特定のInterProエントリやドメインに関連する構造を尋ねるだけです。AIはEBI InterPro connectorを使用して、関連するPDB IDや構造データを取得します。解析にすぐ使える具体的なモデルのリストが得られます。

1. 01

   エントリの特定

   エージェントが、あなたの指示に基づいて正しいInterProエントリまたはドメインを特定します。

   get_entry_structures
2. 02

   構造リストの取得

   AIが、その特定の機能エントリに関連付けられたすべてのPDB構造のリストを抽出します。

   get_entry_structures
3. 03

   特定のモデルを選択

   ターゲットを選択すると、AIがその個別の構造に関する詳細情報を取得します。

   get_structure
4. 04

   結果の提示

   AIがPDB IDと関連するメタデータをチャットインターフェースに表示します。

   get_structure

InterPro Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_cBrAY2Gy2NSFguudqzcAnkyhKLGxzkfF44ThKH5h/mcpコピー

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — InterPro capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "ebi-interpro-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_cBrAY2Gy2NSFguudqzcAnkyhKLGxzkfF44ThKH5h/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

ワンクリックでMCPをクライアントに接続できます。認証情報は暗号化され、すぐにクエリを開始できます。

• 01

  AIはPDBファイルを直接ダウンロードできますか？

  いいえ。AIは構造データとPDB識別子を取得しますが、ファイルのダウンロードはご自身で使用している構造生物学ソフトウェアで行う必要があります。

• 02

  AIはInterProのエントリを編集できますか？

  いいえ。AIは構造を見つけるためにEBI InterProからデータを読み取ることはできますが、データベースを修正することはできません。

• 03

  どんなタンパク質IDでも機能しますか？

  データベースに関連する構造データが存在する、有効なInterProエントリまたはドメインIDであれば、すべて機能します。

• 04

  AIは構造アライメントを実行できますか？

  いいえ。AIはモデルを見つけることはできますが、実際のアライメントやドッキング作業は、ご自身と専門的なツールで行う必要があります。

• 05

  どのようにして構造を見つけるのですか？

  get_entry_structures ツールを使用して、特定のInterProエントリにマップされているすべてのモデルを検索します。

• EBI InterProについて他に質問がありますか？Connectorのページで確認できます。 EBI InterPro connectorの全機能を見る