AIを活用してタンパク質ファミリーの分布をマッピングする方法

AIがEBI InterProを使用して特定のタンパク質ドメインを特定し、それらがどの生物種に含まれているかを照合します。これにより、異なる分類群におけるファミリーの分布状況を明確に把握できます。

1. 01

   ドメインの特定

   まず、調査したい特定のタンパク質ドメインまたはファミリーのエントリーを検索します。

   get_entry_taxonomy
2. 02

   関連タンパク質の抽出

   そのドメインエントリーに紐付いている特定のタンパク質配列や識別子を取得します。

   get_entry_proteins
3. 03

   生物種の特定

   分類学データを使用して、それらのタンパク質を持つ生物種を特定します。

   get_entry_taxonomy
4. 04

   種によるフィルタリング

   範囲を絞り込む必要がある場合、AIが特定の分類群を検索して分布マップを精査します。

   search_taxonomy

InterPro Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_cBrAY2Gy2NSFguudqzcAnkyhKLGxzkfF44ThKH5h/mcpコピー

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — InterPro capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "ebi-interpro-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_cBrAY2Gy2NSFguudqzcAnkyhKLGxzkfF44ThKH5h/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

一度接続するだけで、AIがInterProデータベース全体にアクセスできるようになります。リンクからお使いのクライアントへの設定を行ってください。

• 01

  AIはタンパク質配列の全文をダウンロードできますか？

  いいえ。AIはエントリーに関連するタンパク質リストを取得することはできますが、生の配列ファイルをダウンロードすることはできません。

• 02

  InterProのエントリーを編集するために使用できますか？

  いいえ。AIはEBI InterProからデータを読み取ることはできますが、データベースの情報を変更したり、新しいエントリーを追加したりすることはできません。

• 03

  AIは系統樹の構築を行えますか？

  いいえ。AIは分類学的な存在や分布を特定することはできますが、系統樹を作成したり描画したりすることはできません。

• 04

  AIはどのようにして特定のドメインを持つ生物種を判断するのですか？

  特定のタンパク質エントリーに紐付いている分類学データを使用して、生物種を特定します。

• 05

  特定の種の名前で検索することはできますか？

  はい。AIは分類学データを検索して、特定の生物やグループを見つけることができます。

• EBI InterProに関するその他の質問 EBI InterPro Connectorの全機能を見る