AIでタンパク質をゲノム座標にマッピングする方法：EBI Proteins APIを活用

AIがEBI Proteins APIを使用して特定のタンパク質レコードを検索し、対応する染色体位置やEnsembl IDを抽出します。これにより、配列のアノテーションと正確なゲノム位置を直接結びつけることができます。

1. 01

   タンパク質の検索

   AIがEBIデータベースを検索し、目的のタンパク質配列またはレコードを特定します。

   search_proteins
2. 02

   詳細情報の取得

   特定されたタンパク質の完全なアノテーション情報と配列情報を抽出します。

   get_protein
3. 03

   座標の特定

   そのタンパク質の正確な染色体位置とゲノム上の位置を特定します。

   get_coordinates
4. 04

   Ensemblへのマッピング

   ゲノム解析に適した正しいEnsembl IDにタンパク質データを紐付けます。

   get_coordinates

EMBL-EBI Proteins API Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_3jKiKjDDYj38o3vJ2cr3PVaRBrqDRzHtZH05tPSn/mcpコピー

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — EMBL-EBI Proteins API capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "ebi-proteins-api-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_3jKiKjDDYj38o3vJ2cr3PVaRBrqDRzHtZH05tPSn/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

一度接続するだけで、AIがEBIデータベースにアクセスできるようになります。認証情報は暗号化され、安全に管理されます。

• 01

  AIはEBIデータベース内のタンパク質アノテーションを編集できますか？

  いいえ。AIができるのは、APIからデータを読み取り、取得することのみです。

• 02

  AIは実際のDNA配列を提供できますか？

  はい。タンパク質検索ツールを通じて、タンパク質配列情報を取得できます。

• 03

  AIは独自のゲノムアライメントを実行できますか？

  いいえ。AIはAPIから既存の座標を取得しますが、独自のアルゴリズムでアライメントを行うことはありません。

• 04

  AIは取得した座標をローカルファイルに自動的に反映させますか？

  いいえ。AIはチャット上でデータを提供するのみです。そのデータを自身のファイルにどう活用するかは、ユーザーが判断します。

• 05

  タンパク質を名称で検索することは可能ですか？

  はい。AIは検索ツールを使用して、名称や識別子に基づいてタンパク質を見つけ出します。

• EBI Proteins APIについて他に質問がありますか？コネクタのページで詳細を確認できます。 EBI Proteins API Connectorの全機能を見る