AIでゲノム座標の変換を行う方法：Ensembl MCPコネクターを活用

AIがEnsemblを利用して、異なるアセンブリバージョン間、あるいはcDNAとゲノム位置間の座標をマッピングします。手動で検索することなく、正確なマッピング結果を得られます。

1. 01

   マッピング種類の特定

   エージェントが、アセンブリ間の移動か、cDNAとゲノムの紐付けかを判断します。

   get_mapget_map_cdna
2. 02

   Ensemblへのクエリ実行

   指示された座標変換を実行するために、必要なEnsemblツールを呼び出します。

   get_mapget_map_cdna
3. 03

   出力の整形

   データベースから取得した生のデータを、チャット画面で見やすい形式に整理します。

   get_map
4. 04

   結果の提示

   マッピングされた座標を、会話の流れの中で直接提示します。

   get_mapget_map_cdna

Ensembl Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_m0hayIErvjxLYR70lCwlpWpppEzV8unFkuPlELTW/mcpコピー

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — Ensembl capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "ensembl-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_m0hayIErvjxLYR70lCwlpWpppEzV8unFkuPlELTW/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

Ensembl MCPをクライアントにリンクさせるだけです。認証情報は暗号化され、すぐにマッピングを開始できます。

• 01

  AIがEnsemblデータベースのデータを書き換えることはありますか？

  いいえ。AIはEnsemblからデータを読み取り、マッピングを行うことしかできません。ゲノムレコードの書き込みや変更は行いません。

• 02

  アセンブリのマッピングとcDNAのマッピングの両方に対応していますか？

  はい。バージョン間のマッピングとcDNAからゲノムへのマッピング、それぞれ専用のツールを使用して対応します。

• 03

  AIは複雑な配列アライメントを実行できますか？

  いいえ。AIができることは、Ensemblツールが提供するマッピング機能の範囲内に限られます。

• 04

  AIがローカルファイルを自動的に更新することはありませんか？

  ありません。AIはチャット内でマッピングされた座標を提示しますが、そのデータをファイルに反映させる作業は手動で行う必要があります。

• 05

  あらゆる生物の座標をマッピングできますか？

  Ensemblデータベースがサポートしている生物およびアセンブリに限定されます。

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