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UniProt-Sequenzen auf PDB-Residuen mappen mit Ihrer KI

Verbinden Sie EBI PDBe mit Ihrem KI-Client, um die Lücke zwischen Proteinsequenzen und 3D-Strukturen zu schließen. Sobald die Verbindung steht, übernimmt Ihr Agent die Koordinaten-Übersetzung für Sie.

Fragen Sie die KI zu dieser Seite

Kurzantwort

Wie mappe ich UniProt-Positionen auf PDB-Residuen?

Ihre KI nutzt das Tool get_uniprot_mapping, um UniProt-Accession-Positionen in spezifische 3D-Struktur-Residuen-Nummern zu übersetzen. So können Sie genau bestimmen, wo ein Sequenzsegment in einem 3D-Modell liegt. Sie erhalten eine direkte Zuordnung von Sequenzkoordinaten zu Strukturkoordinaten.

Mapping-Ergebnisse

Wohin Ihre Daten fließen

Die KI wandelt Sequenzdaten in strukturellen Kontext um.

MAPPING

Koordinaten-Übersetzung

Die KI findet die exakten Residuen-Nummern in einer PDB-Datei, die Ihrer UniProt-Sequenz entsprechen. Sie erhalten den präzisen strukturellen Ort eines beliebigen Sequenzbereichs.

ANALYSIS

Räumlicher Kontext

Nach dem Mapping kann Ihr Agent identifizieren, welche strukturellen Merkmale, wie aktive Zentren oder Bindungstaschen, mit Ihren spezifischen UniProt-Residuen übereinstimmen.

VALIDATION

Strukturelle Verifizierung

Prüfen Sie, ob spezifische Mutationen oder Sequenzänderungen in UniProt auf kritische Residuen innerhalb der 3D-Struktur treffen.

HUMAN

Manuelle Prüfung

Sie müssen die finalen Residuen-Mappings überprüfen, um sicherzustellen, dass sie mit Ihrem spezifischen Strukturmodell oder Ihren experimentellen Daten übereinstimmen, bevor Sie nachgelagerte Simulationen starten.

Der Ablauf

Was Ihre KI tut, sobald die Sequenz vorliegt.

Die KI übernimmt die aufwendige Arbeit des Datenbank-Abgleichs.

  1. Sequenzbereich identifizieren

    Ihr Agent analysiert Ihre Anfrage, um die spezifische UniProt-Accession und den gewünschten Residuen-Bereich zu ermitteln.

    get_uniprot_mapping

  2. Mapping ausführen

    Die KI ruft das Mapping-Tool auf, um die Beziehung zwischen der UniProt-Sequenz und der PDB-Struktur abzurufen.

    get_uniprot_mapping

  3. Koordinaten übersetzen

    Der Agent konvertiert die sequenzbasierten Positionen in die spezifische Residuen-Nummerierung, die in der 3D-Strukturdatei verwendet wird.

    get_uniprot_mapping

  4. Ergebnisse formatieren

    Die KI stellt das Mapping in einer übersichtlichen Liste oder Tabelle dar, damit Sie die Residuen-Nummern sofort für Ihre Analyse nutzen können.

    get_uniprot_mapping

Probieren Sie es

Kopieren Sie diese Vorlagen.

Nutzen Sie diese Prompts, um den Mapping-Prozess zu starten.

Startpunkte

Ersetzen Sie die UniProt-IDs und Residuen-Bereiche durch Ihre tatsächlichen Forschungsdaten.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Alles bereit. Wählen Sie Ihren MCP-Client und folgen Sie den Einrichtungsschritten.

Connector-Linkhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp

Claude Desktop

Folgen Sie den Schritten unten, um sich in Sekunden zu verbinden.

  1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
  2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
  3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.
Konfiguration · claude_desktop_config.jsonKopieren
{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}
In den Chat kopieren04

  • Mappe die Residuen 50 bis 100 der UniProt-Accession P12345 auf die entsprechenden PDB-Residuen-Nummern.

  • Finde das PDB-Residuen-Mapping für den folgenden UniProt-Sequenzbereich: [Bereich einfügen].

  • Welche PDB-Residuen entsprechen den aktiven Zentren in UniProt P67890?

  • Gib mir eine Liste aller PDB-Residuen-Nummern, die auf das Sequenzsegment in UniProt Q12345 mappen.

  • Claude
  • ChatGPT
  • Cursor
  • VS Code
  • Windsurf
  • Claude Code
  • JetBrains
  • Cline

Starten Sie hier

EBI PDBe einmal verbinden, dann fragen.

Verbinden Sie den EBI PDBe MCP mit nur einem Klick mit Ihrem bevorzugten Client. Ihre Zugangsdaten bleiben verschlüsselt und Sie können sofort mit dem Mapping beginnen.

EBI PDBe mit Ihrer KI verbinden

FAQ

Verhalten der Aufgabe

  • 01

    Kann die KI PDB-Dateien automatisch herunterladen?

    Nein. Die KI nutzt das Mapping-Tool, um Residuen-Nummern zu finden, lädt aber die rohen Strukturdateien nicht herunter oder manipuliert diese.

  • 02

    Aktualisiert die KI die UniProt-Datenbank?

    Nein. Die KI liest Daten nur aus EBI PDBe, um das Mapping durchzuführen. Sie kann keine Daten in die UniProt- oder PDB-Datenbanken schreiben oder ändern.

  • 03

    Kann ich mehrere UniProt-Accessions gleichzeitig mappen?

    Ja, Sie können Ihren Agenten anweisen, eine Liste von Accessions oder mehrere Residuen-Bereiche in einem einzigen Prompt zu verarbeiten.

  • 04

    Was passiert, wenn eine Sequenz kein strukturelles Mapping hat?

    Wenn das Tool keinen entsprechenden strukturellen Eintrag in PDBe für diese UniProt-Sequenz findet, teilt Ihnen die KI mit, dass kein Mapping existiert.

  • 05

    Verarbeitet die KI Mappings für Proteinkomplexe?

    Ja, sofern das Mapping in der PDBe-Datenbank verfügbar ist, kann die KI die Residuen-Nummern für die relevanten Strukturen abrufen.

  • Weitere Fragen zu EBI PDBe? Die Connector-Seite liefert Antworten. Alle Funktionen des EBI PDBe Connectors ansehen

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