An astronaut overseeing a futuristic data hub
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Verbinden Sie Ebi Pdbe mit ChatGPT, Claude und Gemini

Richten Sie es einmal ein und es funktioniert mit ChatGPT, Claude, Cursor und jedem anderen Client, den Sie lieben. Alles läuft sicher im Hintergrund, damit Sie sich entspannen und sich auf das Wesentliche konzentrieren können. Erforschen Sie komplexe 3D-Makromoleküle direkt über Ihren KI-Assistenten.

Fragen Sie die KI zu diesem Connector

Entwickelt, gewartet und gehostet von Vinkius.

MCP VERIFIZIERT · PRODUKTIONSREIF · VINKIUS GARANTIE

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Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

ChatGPTClaudeCursorPerplexityGeminiMicrosoft CopilotRaycastMeta AI

Ihre KI erledigt die Arbeit. Wir halten alles sicher und geschützt.

Kein anderes KI-Tool bietet Ihnen das. Ihr Workflow läuft im Client, den Sie bereits lieben, Ihr Konto bleibt geschützt, und Sie entscheiden, was der Agent darf und was nicht. Das ist der ganze Grund für den Wechsel.

Jeder Connector lebt in unserer Infrastruktur, dort wo Ihr Workflow läuft. Die drei Dinge unten sind bereits Teil davon und arbeiten leise im Hintergrund, damit Sie nie darüber nachdenken müssen. Nichts hinzuzufügen, nichts einzurichten, keine Sorgen.

A futuristic MCP client docking bay
V8 Isolate01

Jeder Connector läuft in seiner eigenen abgeschotteten Umgebung.

Jeder Connector läuft in einer eigenen abgeriegelten V8-Laufzeit — kein Zugriff auf Ihre Dateien, Ihr System oder andere Server. Ein Connector sieht nie über seine eigene Anfrage hinaus.

Kill-Switch02

Ein Schalter stoppt jeden Agenten. Sofort.

Eine einzige Aktion deaktiviert jeden Connector, entzieht jedes Token und beendet jede Sitzung auf einmal. Die AI Governance bewahrt das Protokoll.

FinOps pro Nutzer03

Ausgabelimits, die anhalten, statt Sie zu überraschen.

Jeder Nutzer behält eigene Verbindungen und Anmeldedaten, isoliert von allen anderen. Was Ihr Ausgabelimit überschreiten würde, wird zurückgehalten und wartet auf Ihre Freigabe, anstatt abgerechnet zu werden.

Drei Kontrollen, eingebaut in die Schicht, über die sich Ihre KI verbindet.

Kuratiertes Set · 16 Fähigkeiten

Wir liefern nur die Aktionen, die zählen.

Fähigkeiten-Set01 / 04

01-04

4 Fähigkeiten in diesem Set.

Teil von 16, verfügbar über PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 01

    Cofaktoren abrufen

    Essenziell für die Enzymkatalyse und Proteinfunktion. Erhalten Sie Annotationen zu Cofaktoren wie Häm, NAD+, FAD und Metallionen.

  2. 02

    Experimentelle Details abrufen

    Liefert detaillierte Informationen über die experimentelle Methode, die zur Bestimmung einer Struktur verwendet wurde.

  3. 03

    Modifizierte Reste abrufen

    Identifiziert nicht-standardmäßige Aminosäuren und Nukleotide sowie deren zugehörige Modifikationsnamen.

  4. 04

    Moleküle abrufen

    Liefert Informationen zu Entitäts-IDs, Molekültypen, Kettenzuordnungen, Sequenzlängen und Gen-Namen innerhalb einer Struktur.

Fähigkeiten-Set02 / 04

05-08

4 Fähigkeiten in diesem Set.

Teil von 16, verfügbar über PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 05

    Mutierte Reste abrufen

    Vergleicht die Wildtyp-Sequenz mit der kristallisierten Konstruktion durch Anzeige des ursprünglichen und des mutierten Rests.

  2. 06

    Qualitätswerte abrufen

    Ermöglicht die Überprüfung der Zuverlässigkeit einer Struktur durch globale Qualitätsmetriken.

  3. 07

    Verwandte Einträge finden

    Entdecken Sie alternative Konformationen, Mutanten oder Komplexe desselben Proteins über dieselben Publikationen.

  4. 08

    Aminosäurereste auflisten

    Zeigt die Namen und Positionen der Reste pro Kette an, organisiert nach Entität.

Fähigkeiten-Set03 / 04

09-12

4 Fähigkeiten in diesem Set.

Teil von 16, verfügbar über PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 09

    Zusammenfassung abrufen

    Nutzen Sie eine 4-stellige PDB-ID, um Titel, Autoren und Auflösung eines Eintrags zu erhalten.

  2. 10

    UniProt-Mapping durchführen

    Verknüpft UniProt-Sequenzpositionen mit PDB-Residuen für den Abgleich zwischen Datenbanken.

  3. 11

    Assemblies abrufen

    Liefert Informationen zur Quartärstruktur, wie Monomere, Dimere oder höhere Komplexe.

  4. 12

    Bindungsstellen finden

    Identifiziert Reste der Ligandenbindetaschen und deren Interaktionen, ideal für das Wirkstoffdesign.

Fähigkeiten-Set04 / 04

13-16

4 Fähigkeiten in diesem Set.

Teil von 16, verfügbar über PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 13

    Liganden-Monomere abrufen

    Liefert chemische IDs, Formeln und Gewichte der in der Struktur gebundenen kleinen Moleküle.

  2. 14

    Publikationen finden

    Findet die primären Zitate, PubMed-IDs und verwandte strukturelle Studien zu einem Eintrag.

  3. 15

    Sekundärstruktur analysieren

    Zeigt die Verteilung von Helices, Strängen und Coils pro Kette an.

  4. 16

    Strukturen suchen

    Suchen Sie mit natürlicher Sprache nach Proteinen, Organismen oder spezifischen Auflösungen.

Echte Arbeit

Was Teams täglich ausführen

01

Rational Drug Design

Identify specific residues in a binding pocket to model how a new small molecule might interact.

02

Protein Engineering

Compare engineered mutations against wild-type sequences using residue-level data.

03

Literature Review

Quickly find the primary PubMed citations and methodology papers for any PDB entry.

04

Structural Characterization

Verify the quaternary structure of a protein to see if it forms dimers or tetramers.

Eine Aufgabe automatisieren

Bringen Sie PDBe (Protein Data Bank in Europe) für eine Sache an die Arbeit.

Schritt-für-Schritt-Automatisierungen, die Ihre KI über diesen Connector ausführt: der Ablauf, die Prompts für den Einstieg und die genauen Fähigkeiten hinter jedem Schritt.

Ein Connector, jede KI

PDBe (Protein Data Bank in Europe) funktioniert mit den beliebtesten KI-Clients.

Dies sind die beliebtesten Clients, jeder mit einer Schritt-für-Schritt-Anleitung: ein Link, einmal eingerichtet, mit Governance und Sichtbarkeit an Bord. Und da alles auf dem MCP-Standard läuft, funktioniert dieselbe Verbindung auch in jedem anderen kompatiblen Client — nichts neu zu bauen.

ClaudeClaudeChatGPTChatGPTGeminiGeminiPerplexityPerplexityGrokGrokMicrosoft CopilotMicrosoft CopilotCursorCursorVS CodeVS CodeWindsurfWindsurfJetBrainsJetBrainsClineClineLangChainLangChainVercel AI SDKVercel AI SDKLovableLovableZ.aiZ.aiRaycastRaycastQwen CodeQwen CodeKimi CodeKimi CodeLe ChatLe Chat

Bauen Sie Ihre eigene App? Der Connector gehört Ihnen.

Sie brauchen keinen Client, um PDBe (Protein Data Bank in Europe) arbeiten zu lassen: dieselbe gehostete Verbindung speist Ihre eigenen Anwendungen und Ihren Agenten-Code, mit derselben Governance bei jeder Anfrage. Damit bauen, damit chatten — eine Verbindung für beides.

Beobachtet, nicht geschätzt

Durchschnitt 1047ms. Schnell in der Produktion.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) wird täglich gegen den Live-Service geprüft.

TagesdurchschnittSpitze 1232ms
3. Okt.Heute
Schnellster Tag
731ms
Langsamster Tag
1232ms
14-Tage-Trend
Verlangsamend+15%

Verbinden Sie Ihren Client

Eine URL. Jeder Client.

Aktivieren Sie den Connector, kopieren Sie Ihren Link und fügen Sie ihn in den Client ein, den Sie bereits nutzen. 16 Fähigkeiten kommen einsatzbereit an.

Vorschauzugang · keine Anbieter-Authentifizierung

Das vk_preview_*-Token gehört zur Vorschau-Infrastruktur von Vinkius. Es ermöglicht Claude, die Fähigkeiten von PDBe (Protein Data Bank in Europe) zu entdecken und anzuzeigen, damit Sie das Erlebnis in Ihrer KI sehen.

Es authentifiziert Ihr Konto nicht bei PDBe (Protein Data Bank in Europe). Aktionen, die Anmeldedaten oder echte Kontodaten erfordern, werden möglicherweise erst ausgeführt, wenn Sie den Connector aktivieren und den Dienst autorisieren.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Alles bereit. Wählen Sie Ihren MCP-Client und folgen Sie den Einrichtungsschritten.

Connector-Linkhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp

Claude Desktop

Folgen Sie den Schritten unten, um sich in Sekunden zu verbinden.

  1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
  2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
  3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.
Konfiguration · claude_desktop_config.jsonKopieren
{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}
  • Claude
  • ChatGPT
  • Cursor
  • VS Code
  • Windsurf
  • Claude Code
  • JetBrains
  • Cline

Schritt-für-Schritt-Anleitungen für jeden Client finden Sie im Guide. Verbinden

Geführte Einrichtung für Claude? PDBe (Protein Data Bank in Europe) in Claude und anderen KI-Tools einrichten

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Für wen

Für die Arbeit, die PDBe (Protein Data Bank in Europe)-Nutzer abgeben.

Dieser MCP richtet sich an Fachleute aus der strukturbiologischen Forschung und der computergestützten Wirkstoffentwicklung.

  • 01

    Strukturbiologen

    Abruf von Metadaten, Qualitätsbewertungen und experimentellen Parametern ohne das Herunterladen von Koordinatendateien.

  • 02

    Wirkstoffforscher

    Identifizierung von Bindungsstellen, Ligandeninteraktionen und Cofaktoren für das rationale Drug Design.

  • 03

    Bioinformatiker

    Abgleich von Sequenzdaten mit 3D-Strukturannotationen über UniProt-Mappings.

FAQ

Fragen von PDBe (Protein Data Bank in Europe)-Nutzern.

  • 01

    Do I need an API key for PDBe?

    No, this MCP uses the public PDBe REST API, so no personal credentials or keys are required.

  • 02

    Which AI clients can use this MCP?

    You can use this with any MCP-compatible client, including Claude, Cursor, and Windsurf.

  • 03

    Can I search for structures using names instead of PDB IDs?

    Yes, the search_structures capability allows you to use natural language queries for protein names or organisms.

  • 04

    How is the data sourced?

    All data is pulled directly from the official PDBe REST API maintained by EMBL-EBI.

  • 05

    Can this help with UniProt data?

    Yes, the MCP includes capabilities to map UniProt sequence positions to specific PDB residues.

  • 06

    Do I need an API key?

    No. The PDBe API is completely public and requires no authentication. Enter any placeholder value in the API key field to activate the server immediately.

  • 07

    What types of structures are available?

    The PDBe contains over 200,000 experimentally determined 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies. Structures are determined by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy (cryo-EM), NMR spectroscopy, and other methods. This includes enzymes, receptors, antibodies, viral proteins, ribosomes, and drug-target complexes.

  • 08

    Can I find drug binding sites?

    Yes. Use get_binding_sites to retrieve all annotated ligand binding pockets with their constituent residues. Combine with get_ligand_monomers to identify the small molecules bound in the structure, and get_cofactors for prosthetic groups. This workflow is essential for structure-based drug design and virtual screening target preparation.

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