Do I need an API key to use this MCP?

No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.

What kind of structures can I find?

You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.

Which AI clients can use this?

This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.

Can I search by experimental method?

Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.

How do I identify a specific structure?

You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.

What experimental methods are represented in the PDB?

The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.

Do I need authentication to access PDB data?

No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).

What information does each PDB entry contain?

Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.

An astronaut overseeing a futuristic data hub

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Conecta RCSB PDB a ChatGPT, Claude y Gemini

Configúralo una vez y funciona en ChatGPT, Claude, Cursor y en cualquier otro cliente que te guste. Todo se ejecuta con seguridad en segundo plano, para que tú te relajes y te centres en lo que de verdad importa. Conecta tu IA con el repositorio mundial de datos biológicos.

Pregunta a la IA sobre este Connector

Desarrollado, mantenido y alojado por Vinkius.

MCP VERIFICADO · LISTO PARA PRODUCCIÓN · GARANTÍA VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

Tu IA hace el trabajo. Nosotros lo cuidamos, seguro.

Ninguna otra herramienta de IA te da esto. Tu workflow se ejecuta en el cliente que ya amas, tu cuenta permanece protegida y tú decides lo que el agente puede y no puede hacer. Es la razón completa para dar el salto.

Cada Connector vive dentro de nuestra infraestructura, en el mismo lugar donde se ejecuta tu workflow. Las tres cosas de abajo ya forman parte de él, trabajando en silencio en segundo plano para que nunca tengas que pensar en ellas. Nada que añadir, nada que configurar, nada de qué preocuparte.

V8 Isolate01

Cada Connector se ejecuta dentro de su propio entorno sellado.

Cada Connector se ejecuta en su propio runtime V8 aislado, sin acceso a tus archivos, a tu sistema ni a otros servidores. Un Connector nunca ve más allá de su propia petición.

Kill Switch02

Un interruptor detiene a todos los agentes. Al instante.

Una única acción desactiva todos los Connectors, revoca todos los tokens y cierra todas las sesiones a la vez. La Gobernanza de IA guarda el registro.

FinOps por usuario03

Límites de gasto que se pausan en vez de sorprenderte.

Cada usuario mantiene sus propias conexiones y credenciales, aisladas de las de los demás. Lo que supere tu límite de gasto se detiene y queda esperando tu aprobación en vez de cobrarse.

Tres controles, integrados en la capa por donde tu IA se conecta.

Set curado · 2 capacidades

Publicamos solo las acciones que importan.

Set de capacidades01 / 01

01-02

2 capacidades en este set.

Parte de 2 disponibles a través de RCSB PDB.

01
Obtener estructura PDB
Recupera detalles estructurales completos utilizando códigos de 4 caracteres como 1HHO o 6LU7.
02
Buscar en el PDB
Busca entre 220,000 estructuras 3D por nombre, función o asociación con enfermedades. Incluye métodos experimentales y ligandos.

Trabajo real

Lo que los equipos ejecutan de verdad

Target Identification

Search for protein structures associated with specific diseases to begin research.

Ligand Screening

Find co-crystal structures to identify how specific molecules bind to a target protein.

Method Comparison

Query different experimental methods like Cryo-EM or X-ray to compare structural resolutions.

Data Verification

Check the resolution and authorship of a specific PDB entry via your agent.

Automatiza una tarea

Pon RCSB PDB a trabajar en una cosa.

Automatizaciones paso a paso que tu IA ejecuta a través de este Connector: el flujo de trabajo, los prompts para empezar y las capabilities exactas detrás de cada paso.

Un connector, todas las IAs

RCSB PDB funciona con los clientes de IA más populares.

Estos son los clientes más populares, cada uno con una guía paso a paso: un enlace, configurado una vez, con gobernanza y visibilidad integradas. Y como todo corre sobre el estándar MCP, la misma conexión también funciona en cualquier otro cliente compatible: nada que reconstruir.

¿Construyendo tu propia app? El connector es tuyo para usar.

No necesitas un cliente para poner RCSB PDB a trabajar: la misma conexión alojada se conecta a tus propias aplicaciones y al código de tu agente, con la misma gobernanza en cada petición. Construye con él, conversa con él: una conexión para ambos.

Observada, no estimada

Promedio de 907ms. Rápida en producción.

RCSB PDB se verifica a diario contra el servicio en producción.

Promedio diarioPico de 1080ms

3 octHoy

Día más rápido: 730ms
Día más lento: 1080ms
Tendencia de 14 días: Ralentizando+19%

Conecta tu cliente

Una URL. Todos los clientes.

Activa el Connector, copia tu enlace y pégalo en el cliente que ya usas. 2 capacidades llegan listas para funcionar.

Acceso de vista previa · no es autenticación del proveedor

El token vk_preview_* pertenece a la infraestructura de vista previa de Vinkius. Permite que Claude descubra y muestre las capacidades de RCSB PDB, para que veas la experiencia dentro de tu IA.

No autentica tu cuenta con RCSB PDB. Las acciones que requieran credenciales o datos reales de la cuenta podrían no ejecutarse hasta que actives el Connector y autorices el servicio.

RCSB PDB Connector

Todo listo. Elige tu cliente MCP y sigue las instrucciones de configuración.

Enlace del conectorhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp

Claude Desktop

Sigue los pasos siguientes para conectarte en segundos.

1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3Click Add and start a new chat — RCSB PDB capabilities are ready to use.

Configuración · claude_desktop_config.jsonCopiar

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp"
    }
  }
}

Claude
ChatGPT
Cursor
VS Code
Windsurf
Claude Code
JetBrains
Cline

Las instrucciones paso a paso para cada cliente están en la guía. Cómo conectar

¿Configuración guiada para Claude? Conectar RCSB PDB con Claude y otras IA

Ve todos los clientes de IA con los que funciona este connector ↑

Para quién es

Hecho para el trabajo que quienes usan RCSB PDB delegan.

Este MCP está diseñado para profesionales de las ciencias de la vida que requieren acceso rápido a datos estructurales precisos.

01
Biólogos estructurales
Para acceder rápidamente a metadatos experimentales, resolución y detalles de métodos de estructuras moleculares.
02
Equipos de descubrimiento de fármacos
Para localizar estructuras de co-cristal proteína-ligando útiles en el diseño de fármacos y cribado virtual.
03
Estudiantes de bioquímica
Para comprender la arquitectura de las proteínas explorando estructuras experimentales reales con anotaciones.

FAQ

Preguntas de quienes usan RCSB PDB.

01
Do I need an API key to use this MCP?
No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.
02
What kind of structures can I find?
You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.
03
Which AI clients can use this?
This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.
04
Can I search by experimental method?
Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.
05
How do I identify a specific structure?
You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.
06
What experimental methods are represented in the PDB?
The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.
07
Do I need authentication to access PDB data?
No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).
08
What information does each PDB entry contain?
Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.