Mapper UniProt vers résidus PDB avec votre IA

Votre IA utilise l'outil get_uniprot_mapping pour convertir les positions d'accès UniProt en numéros de résidus de structure 3D spécifiques. Cela vous permet de localiser précisément où un segment de séquence se situe dans un modèle 3D. Vous obtenez une correspondance directe entre coordonnées de séquence et coordonnées structurales.

1. 01

   Identifier la plage de séquence

   Votre agent analyse votre demande pour identifier l'accès UniProt spécifique et la plage de résidus que vous souhaitez localiser.

   get_uniprot_mapping
2. 02

   Exécuter le mapping

   L'IA appelle l'outil de mapping pour extraire la relation entre la séquence UniProt et la structure PDB.

   get_uniprot_mapping
3. 03

   Traduire les coordonnées

   L'agent convertit les positions basées sur la séquence en numérotation de résidus utilisée dans le fichier de structure 3D.

   get_uniprot_mapping
4. 04

   Formater les résultats

   L'IA présente le mapping sous forme de liste ou de tableau clair pour que vous puissiez utiliser immédiatement les numéros de résidus dans votre analyse.

   get_uniprot_mapping

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Tout est prêt. Choisissez votre client MCP et suivez les instructions de configuration.

Lien du connecteurhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcpCopier

Claude Desktop

Suivez les étapes ci-dessous pour vous connecter en quelques secondes.

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.

Configuration · claude_desktop_config.jsonCopier

{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

Connectez le MCP EBI PDBe à votre client préféré en un clic. Vos identifiants restent chiffrés et vous pouvez commencer le mapping immédiatement.

• 01

  L'IA peut-elle télécharger automatiquement les fichiers PDB ?

  Non. L'IA utilise l'outil de mapping pour trouver les numéros de résidus, mais elle ne télécharge pas et ne manipule pas les fichiers structuraux bruts.

• 02

  L'IA met-elle à jour la base de données UniProt ?

  Non. L'IA lit uniquement les données d'EBI PDBe pour effectuer le mapping. Elle ne peut ni modifier ni écrire dans les bases de données UniProt ou PDB.

• 03

  Puis-je mapper plusieurs accès UniProt à la fois ?

  Oui, vous pouvez demander à votre agent de traiter une liste d'accès ou plusieurs plages de résidus dans un seul prompt.

• 04

  Que se passe-t-il si une séquence n'a pas de mapping structural ?

  Si l'outil ne trouve aucune entrée structurale correspondante dans PDBe pour cette séquence UniProt, l'IA vous informera qu'aucun mapping n'existe.

• 05

  L'IA gère-t-elle le mapping des complexes protéiques ?

  Oui, tant que le mapping est disponible dans la base de données PDBe, l'IA peut récupérer les numéros de résidus pour les structures concernées.

• D'autres questions sur EBI PDBe ? La page du connecteur y répond. Voir toutes les capacités du connecteur EBI PDBe