An astronaut overseeing a futuristic data hub
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Connectez Ebi Pdbe à ChatGPT, Claude et Gemini

Configurez-le une fois et il fonctionne avec ChatGPT, Claude, Cursor et n'importe quel autre client que vous aimez. Tout s'exécute en toute sécurité en arrière-plan, pour que vous puissiez vous détendre et vous concentrer sur l'essentiel. Explorez le répertoire mondial des structures protéiques expérimentales.

Demandez à l'IA à propos de ce Connector

Développé, maintenu et hébergé par Vinkius.

MCP VÉRIFIÉ · PRÊT POUR LA PRODUCTION · GARANTIE VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

ChatGPTClaudeCursorPerplexityGeminiMicrosoft CopilotRaycastMeta AI

Votre IA fait le travail. Nous veillons dessus, en toute sécurité.

Aucun autre outil d'IA ne vous offre ça. Votre workflow s'exécute dans le client que vous aimez déjà, votre compte reste protégé, et vous décidez ce que l'agent peut ou ne peut pas faire. C'est la vraie raison de faire le pas.

Chaque Connector vit dans notre infrastructure, là où votre workflow s'exécute. Les trois choses ci-dessous en font déjà partie et travaillent discrètement en arrière-plan pour que vous n'ayez jamais à y penser. Rien à ajouter, rien à configurer, aucune inquiétude à avoir.

A futuristic MCP client docking bay
V8 Isolate01

Chaque Connector s'exécute dans son propre environnement scellé.

Chaque Connector s'exécute dans son propre runtime V8 scellé, sans accès à vos fichiers, à votre système ni aux autres serveurs. Un Connector ne voit jamais au-delà de sa propre requête.

Kill Switch02

Un seul interrupteur arrête tous les agents. Immédiatement.

Une seule action désactive tous les Connectors, révoque tous les tokens et termine toutes les sessions d'un coup. La Gouvernance de l'IA conserve le registre.

FinOps par utilisateur03

Des limites de dépense qui s'interrompent au lieu de surprendre.

Chaque utilisateur garde ses propres connexions et identifiants, isolés de ceux des autres. Ce qui dépasserait votre limite de dépense est stoppé et mis en attente de votre approbation, pas facturé.

Trois contrôles, intégrés à la couche par laquelle votre IA se connecte.

Sélection · 16 capacités

Nous ne livrons que les actions qui comptent.

Ensemble de capacités01 / 04

01-04

4 capacités dans cet ensemble.

Sur 16 disponibles via PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 01

    Obtenir les cofacteurs

    Récupère les annotations sur les cofacteurs comme l'hème, le NAD+, le FAD et les ions métalliques essentiels à la fonction protéique.

  2. 02

    Détails de l'expérience

    Accédez aux détails de la méthode expérimentale utilisée pour une structure donnée.

  3. 03

    Résidus modifiés

    Identifie les acides aminés et nucléotides non standards ainsi que leurs modifications.

  4. 04

    Entités moléculaires

    Récupère les types de molécules, les chaînes, les poids moléculaires et les noms de gènes associés.

Ensemble de capacités02 / 04

05-08

4 capacités dans cet ensemble.

Sur 16 disponibles via PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 05

    Résidus mutés

    Compare la séquence sauvage avec la séquence mutée pour comprendre les différences de la construction cristallisée.

  2. 06

    Scores de qualité

    Évalue la fiabilité d'une structure via ses métriques de qualité globale.

  3. 07

    Entrées liées

    Trouve des conformations alternatives, des mutants ou des complexes liés citant les mêmes publications.

  4. 08

    Liste des résidus

    Fournit l'inventaire complet des résidus par chaîne, incluant la numérotation PDB et auteur.

Ensemble de capacités03 / 04

09-12

4 capacités dans cet ensemble.

Sur 16 disponibles via PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 09

    Résumé de l'entrée

    Obtenez un résumé complet d'un ID PDB incluant le titre, les auteurs et la résolution.

  2. 10

    Mapping UniProt

    Effectue la correspondance entre les positions de séquences UniProt et les numéros de résidus PDB.

  3. 11

    Assemblages biologiques

    Analyse la structure quaternaire pour savoir si la protéine est un monomère, un dimère ou un complexe supérieur.

  4. 12

    Sites de liaison

    Identifie les résidus des poches de liaison des ligands et leurs interactions.

Ensemble de capacités04 / 04

13-16

4 capacités dans cet ensemble.

Sur 16 disponibles via PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 13

    Ligands monomères

    Récupère les formules, poids et positions des petites molécules liées à la structure.

  2. 14

    Publications associées

    Accédez aux citations primaires et aux identifiants PubMed liés à la structure.

  3. 15

    Structure secondaire

    Affiche la répartition des hélices, des feuillets et des coudes par chaîne.

  4. 16

    Recherche de structures

    Effectue des recherches par mots-clés, noms d'organismes ou résolutions de cryo-EM.

Travail réel

Ce que les équipes font tourner

01

Rational Drug Design

Identify specific residues in a binding pocket to model how a new small molecule might interact.

02

Protein Engineering

Compare engineered mutations against wild-type sequences using residue-level data.

03

Literature Review

Quickly find the primary PubMed citations and methodology papers for any PDB entry.

04

Structural Characterization

Verify the quaternary structure of a protein to see if it forms dimers or tetramers.

Automatisez une tâche

Mettez PDBe (Protein Data Bank in Europe) au travail sur une chose.

Des automatisations étape par étape que votre IA exécute via ce Connector : le flux, les prompts pour démarrer et les capabilities exactes derrière chaque étape.

Un connector, toutes les IAs

PDBe (Protein Data Bank in Europe) fonctionne avec les clients IA les plus populaires.

Voici les clients les plus populaires, chacun avec un guide pas à pas : un lien, configuré une fois, avec gouvernance et visibilité intégrées. Et comme tout tourne sur le standard MCP, la même connexion fonctionne aussi dans tout autre client compatible : rien à reconstruire.

ClaudeClaudeChatGPTChatGPTGeminiGeminiPerplexityPerplexityGrokGrokMicrosoft CopilotMicrosoft CopilotCursorCursorVS CodeVS CodeWindsurfWindsurfJetBrainsJetBrainsClineClineLangChainLangChainVercel AI SDKVercel AI SDKLovableLovableZ.aiZ.aiRaycastRaycastQwen CodeQwen CodeKimi CodeKimi CodeLe ChatLe Chat

Vous construisez votre propre app ? Le connector est à vous.

Vous n'avez pas besoin d'un client pour mettre PDBe (Protein Data Bank in Europe) au travail : la même connexion hébergée se branche sur vos propres applications et le code de votre agent, avec la même gouvernance à chaque requête. Construisez avec lui, discutez avec lui : une connexion pour les deux.

Observée, pas estimée

Moyenne de 1047 ms. Rapide en production.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) est vérifié quotidiennement contre le service en production.

Moyenne quotidiennePic à 1232 ms
3 oct.Aujourd'hui
Jour le plus rapide
731ms
Jour le plus lent
1232ms
Tendance sur 14 jours
En ralentissement+15%

Connectez votre client

Une URL. Tous les clients.

Activez le Connector, copiez votre lien et collez-le dans le client que vous utilisez déjà. 16 capacités arrivent prêtes à l'emploi.

Accès aperçu · pas d’authentification du fournisseur

Le jeton vk_preview_* appartient à l’infrastructure d’aperçu de Vinkius. Il permet à Claude de découvrir et d’afficher les capacités de PDBe (Protein Data Bank in Europe), pour que vous voyiez l’expérience dans votre IA.

Il n’authentifie pas votre compte auprès de PDBe (Protein Data Bank in Europe). Les actions nécessitant des identifiants ou des données de compte réelles peuvent ne pas s’exécuter tant que vous n’avez pas activé le Connector et autorisé le service.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Tout est prêt. Choisissez votre client MCP et suivez les instructions de configuration.

Lien du connecteurhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp

Claude Desktop

Suivez les étapes ci-dessous pour vous connecter en quelques secondes.

  1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
  2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
  3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.
Configuration · claude_desktop_config.jsonCopier
{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}
  • Claude
  • ChatGPT
  • Cursor
  • VS Code
  • Windsurf
  • Claude Code
  • JetBrains
  • Cline

Les instructions pas à pas pour chaque client sont dans le guide. Comment connecter

Configuration guidée pour Claude ? Configurer PDBe (Protein Data Bank in Europe) avec Claude et les autres IA

Voyez tous les clients IA avec lesquels ce connector fonctionne ↑

Pour qui

Conçu pour le travail que les utilisateurs de PDBe (Protein Data Bank in Europe) délèguent.

Ce connecteur est conçu pour les professionnels de la recherche biomoléculaire nécessitant un accès rapide aux données structurales.

  • 01

    Biologistes structuraux

    Pour extraire les métadonnées, les évaluations de qualité et les paramètres expérimentaux sans téléchargement lourd.

  • 02

    Chercheurs en Drug Discovery

    Pour identifier les sites de liaison, les interactions de ligands et les cofacteurs pour la conception rationnelle de médicaments.

  • 03

    Bioinformaticiens

    Pour croiser les données de séquences avec les annotations structurales via les mappings UniProt.

FAQ

Les questions des utilisateurs de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  • 01

    Do I need an API key for PDBe?

    No, this MCP uses the public PDBe REST API, so no personal credentials or keys are required.

  • 02

    Which AI clients can use this MCP?

    You can use this with any MCP-compatible client, including Claude, Cursor, and Windsurf.

  • 03

    Can I search for structures using names instead of PDB IDs?

    Yes, the search_structures capability allows you to use natural language queries for protein names or organisms.

  • 04

    How is the data sourced?

    All data is pulled directly from the official PDBe REST API maintained by EMBL-EBI.

  • 05

    Can this help with UniProt data?

    Yes, the MCP includes capabilities to map UniProt sequence positions to specific PDB residues.

  • 06

    Do I need an API key?

    No. The PDBe API is completely public and requires no authentication. Enter any placeholder value in the API key field to activate the server immediately.

  • 07

    What types of structures are available?

    The PDBe contains over 200,000 experimentally determined 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies. Structures are determined by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy (cryo-EM), NMR spectroscopy, and other methods. This includes enzymes, receptors, antibodies, viral proteins, ribosomes, and drug-target complexes.

  • 08

    Can I find drug binding sites?

    Yes. Use get_binding_sites to retrieve all annotated ligand binding pockets with their constituent residues. Combine with get_ligand_monomers to identify the small molecules bound in the structure, and get_cofactors for prosthetic groups. This workflow is essential for structure-based drug design and virtual screening target preparation.

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