AIでUniProt配列をPDB残基番号へマッピングする方法

AIが get_uniprot_mapping ツールを使用し、UniProtのアクセッション番号に基づく位置を、特定の3D構造残基番号へと変換します。これにより、配列の特定のセグメントが3Dモデル内のどこに位置するかを正確に特定できます。配列の座標と構造の座標を直接紐付けることが可能です。

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   配列範囲の特定

   エージェントがリクエストを解析し、対象となるUniProtアクセッション番号と、特定したい残基範囲を識別します。

   get_uniprot_mapping
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   マッピングの実行

   AIがマッピングツールを呼び出し、UniProt配列とPDB構造の間の関係性を取得します。

   get_uniprot_mapping
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   座標の変換

   エージェントが配列ベースの位置を、3D構造ファイルで使用される特定の残基番号へと変換します。

   get_uniprot_mapping
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   結果の整形

   AIがマッピング結果をリストやテーブル形式で提示するため、取得した残基番号をすぐに解析に利用できます。

   get_uniprot_mapping

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcpコピー

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}

• Claude
• ChatGPT
• Cursor
• VS Code
• Windsurf
• Claude Code
• JetBrains
• Cline

EBI PDBe MCPを、お使いのクライアントにワンクリックで接続できます。認証情報は暗号化され、接続後すぐにマッピングを開始できます。

• 01

  AIはPDBファイルを自動的にダウンロードできますか？

  いいえ。AIはマッピングツールを使用して残基番号を特定しますが、生の構造ファイル自体をダウンロードしたり操作したりすることはありません。

• 02

  AIはUniProtデータベースを更新しますか？

  いいえ。AIはマッピングを実行するためにEBI PDBeからデータを読み取るだけです。UniProtやPDBのデータベースの内容を変更したり書き込んだりすることはできません。

• 03

  複数のUniProtアクセッションを一度にマッピングできますか？

  はい。一つのプロンプトで、アクセッションのリストや複数の残基範囲を処理するようエージェントに指示できます。

• 04

  配列に対応する構造マッピングが見つからない場合はどうなりますか？

  そのUniProt配列に対してPDBeに該当する構造エントリが見つからない場合、AIはマッピングが存在しない旨を回答します。

• 05

  タンパク質複合体のマッピングにも対応していますか？

  はい。PDBeデータベースにマッピングが用意されていれば、AIは関連する構造の残基番号を取得できます。

• EBI PDBeについてさらに詳しく知りたいですか？ Connectorのページで回答しています。 EBI PDBe Connectorの全機能を見る