Do I need an API key to use this MCP?

No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.

What kind of structures can I find?

You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.

Which AI clients can use this?

This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.

Can I search by experimental method?

Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.

How do I identify a specific structure?

You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.

What experimental methods are represented in the PDB?

The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.

Do I need authentication to access PDB data?

No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).

What information does each PDB entry contain?

Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.

An astronaut overseeing a futuristic data hub

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Conecte RCSB PDB ao ChatGPT, Claude e Gemini

Configure uma vez e funcione no ChatGPT, Claude, Cursor e em qualquer outro cliente que você goste. Tudo roda com segurança em segundo plano, para você relaxar e focar no que realmente importa. Explore dados estruturais de macromoléculas biológicas com precisão.

Pergunte à IA sobre este Connector

Desenvolvido, mantido e hospedado pela Vinkius.

MCP VERIFICADO · PRONTO PARA PRODUÇÃO · GARANTIA VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

A sua IA faz o trabalho. A gente cuida com segurança.

Nenhuma outra ferramenta de IA te dá isso. O seu workflow roda no cliente que você já ama, a sua conta fica protegida, e você decide o que o agente pode e não pode fazer. É a razão completa para mudar de vez.

Cada Connector vive dentro da nossa infraestrutura, no mesmo lugar onde o seu workflow roda. As três coisas abaixo já fazem parte dele, trabalhando silenciosamente em segundo plano para que você nunca precise pensar nelas. Nada para adicionar, nada para configurar, nada com que se preocupar.

V8 Isolate01

Cada Connector roda dentro do seu próprio ambiente lacrado.

Cada Connector roda em seu próprio runtime V8 lacrado — sem acesso aos seus arquivos, ao seu sistema ou a outros servidores. Um Connector nunca enxerga além da sua própria requisição.

Kill Switch02

Um interruptor para todos os agentes. Na hora.

Uma única ação desativa todos os Connectors, revoga todos os tokens e encerra todas as sessões de uma vez. A Governança de IA guarda o registro.

FinOps por usuário03

Limites de gastos que pausam em vez de assustar.

Cada usuário tem suas próprias conexões e credenciais, isoladas das dos demais. O que ultrapassar o seu limite de gastos fica aguardando a sua aprovação, em vez de ser cobrado.

Três controles, embutidos na camada pela qual sua IA se conecta.

Conjunto curado · 2 capacidades

Entregamos só as ações que importam.

Conjunto de capacidades01 / 01

01-02

2 capacidades neste conjunto.

Parte de 2 disponíveis através de RCSB PDB.

01
Obter detalhes da estrutura PDB
Recupere detalhes estruturais completos usando códigos de 4 caracteres (ex: 1HHO, 6LU7).
02
Pesquisar no PDB
Busque entre 220 mil estruturas por título, método experimental, resolução ou ligantes.

Trabalho real

O que as equipes executam de verdade

Target Identification

Search for protein structures associated with specific diseases to begin research.

Ligand Screening

Find co-crystal structures to identify how specific molecules bind to a target protein.

Method Comparison

Query different experimental methods like Cryo-EM or X-ray to compare structural resolutions.

Data Verification

Check the resolution and authorship of a specific PDB entry via your agent.

Automatize uma tarefa

Coloque RCSB PDB para trabalhar em uma coisa.

Automações passo a passo que sua IA executa por este Connector: o fluxo, os prompts para começar e as capabilities exatas por trás de cada passo.

Um connector, todas as IAs

RCSB PDB funciona com os clientes de IA mais populares.

Estes são os clientes mais populares, cada um com um guia passo a passo: um link, configurado uma vez, com governança e visibilidade embutidas. E como tudo roda no padrão MCP, a mesma conexão também funciona em qualquer outro cliente compatível — nada para reconstruir.

Construindo o seu próprio app? O connector é seu para usar.

Você não precisa de um cliente para colocar RCSB PDB para trabalhar: a mesma conexão hospedada entra nas suas aplicações e no código do seu agente, com a mesma governança em cada pedido. Construa com ele, converse com ele — uma conexão para os dois.

Observada, não estimada

Média de 907ms. Rápida em produção.

RCSB PDB é verificado diariamente contra o serviço em produção.

Média diáriaPico de 1080ms

3 de out.Hoje

Dia mais rápido: 730ms
Dia mais lento: 1080ms
Tendência de 14 dias: Desacelerando+19%

Conecte seu cliente

Uma URL. Todos os clientes.

Ative o Connector, copie seu link e cole no cliente que você já usa. 2 capacidades chegam prontas para rodar.

Acesso de prévia · não é autenticação no provedor

O token vk_preview_* pertence à infraestrutura de prévia da Vinkius. Ele permite que o Claude descubra e exiba as capacidades de RCSB PDB, para você ver a experiência dentro da sua IA.

Ele não autentica a sua conta com RCSB PDB. Ações que exigem credenciais ou dados reais da conta podem não ser executadas até que você ative o Connector e autorize o serviço.

RCSB PDB Connector

Tudo pronto. Escolha seu cliente MCP e siga as instruções de configuração.

Link do conectorhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp

Claude Desktop

Siga os passos abaixo para conectar em segundos.

1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3Click Add and start a new chat — RCSB PDB capabilities are ready to use.

Configuração · claude_desktop_config.jsonCopiar

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp"
    }
  }
}

Claude
ChatGPT
Cursor
VS Code
Windsurf
Claude Code
JetBrains
Cline

Instruções passo a passo para cada cliente estão no guia. Como conectar

Configuração guiada para o Claude? Configurar RCSB PDB no Claude e outras IAs

Veja todos os clientes de IA com quem este connector funciona ↑

Para quem é

Feito para o trabalho que quem usa RCSB PDB delega.

Ferramenta essencial para pesquisadores que lidam com biologia estrutural e modelagem molecular.

01
Biólogos Estruturais
Para acesso rápido a metadados experimentais, resolução e detalhes de métodos de estruturas moleculares.
02
Equipes de Descoberta de Fármacos
Para localizar estruturas de co-cristais proteína-ligante para design de fármacos e triagem virtual.
03
Estudantes de Bioquímica
Para compreender a arquitetura de proteínas explorando estruturas experimentais reais com anotações.

FAQ

Perguntas de quem usa RCSB PDB.

01
Do I need an API key to use this MCP?
No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.
02
What kind of structures can I find?
You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.
03
Which AI clients can use this?
This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.
04
Can I search by experimental method?
Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.
05
How do I identify a specific structure?
You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.
06
What experimental methods are represented in the PDB?
The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.
07
Do I need authentication to access PDB data?
No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).
08
What information does each PDB entry contain?
Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.