An astronaut overseeing a futuristic data hub
Descargar PDFVersión en Markdown

Conecta Ebi Pdbe a ChatGPT, Claude y Gemini

Configúralo una vez y funciona en ChatGPT, Claude, Cursor y en cualquier otro cliente que te guste. Todo se ejecuta con seguridad en segundo plano, para que tú te relajes y te centres en lo que de verdad importa. Consulta estructuras de proteínas y ligandos con tu IA.

Pregunta a la IA sobre este Connector

Desarrollado, mantenido y alojado por Vinkius.

MCP VERIFICADO · LISTO PARA PRODUCCIÓN · GARANTÍA VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

ChatGPTClaudeCursorPerplexityGeminiMicrosoft CopilotRaycastMeta AI

Tu IA hace el trabajo. Nosotros lo cuidamos, seguro.

Ninguna otra herramienta de IA te da esto. Tu workflow se ejecuta en el cliente que ya amas, tu cuenta permanece protegida y tú decides lo que el agente puede y no puede hacer. Es la razón completa para dar el salto.

Cada Connector vive dentro de nuestra infraestructura, en el mismo lugar donde se ejecuta tu workflow. Las tres cosas de abajo ya forman parte de él, trabajando en silencio en segundo plano para que nunca tengas que pensar en ellas. Nada que añadir, nada que configurar, nada de qué preocuparte.

A futuristic MCP client docking bay
V8 Isolate01

Cada Connector se ejecuta dentro de su propio entorno sellado.

Cada Connector se ejecuta en su propio runtime V8 aislado, sin acceso a tus archivos, a tu sistema ni a otros servidores. Un Connector nunca ve más allá de su propia petición.

Kill Switch02

Un interruptor detiene a todos los agentes. Al instante.

Una única acción desactiva todos los Connectors, revoca todos los tokens y cierra todas las sesiones a la vez. La Gobernanza de IA guarda el registro.

FinOps por usuario03

Límites de gasto que se pausan en vez de sorprenderte.

Cada usuario mantiene sus propias conexiones y credenciales, aisladas de las de los demás. Lo que supere tu límite de gasto se detiene y queda esperando tu aprobación en vez de cobrarse.

Tres controles, integrados en la capa por donde tu IA se conecta.

Set curado · 16 capacidades

Publicamos solo las acciones que importan.

Set de capacidades01 / 04

01-04

4 capacidades en este set.

Parte de 16 disponibles a través de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 01

    Obtener cofactores

    Recupera anotaciones de cofactores esenciales como el grupo hemo, NAD+, FAD e iones metálicos para la función proteica.

  2. 02

    Obtener detalles experimentales

    Consulta los métodos experimentales utilizados para determinar una estructura específica.

  3. 03

    Obtener residuos modificados

    Identifica aminoácidos y nucleótidos no estándar, incluyendo el ID del compuesto parental y el nombre de la modificación.

  4. 04

    Obtener entidades moleculares

    Accede a IDs de entidades, tipos de moléculas, nombres, asignaciones de cadenas, pesos moleculares y organismos de origen.

Set de capacidades02 / 04

05-08

4 capacidades en este set.

Parte de 16 disponibles a través de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 05

    Obtener residuos mutados

    Compara la secuencia del constructo cristalizado con la proteína nativa mediante la identificación de mutaciones.

  2. 06

    Obtener métricas de calidad

    Evalúa la fiabilidad de una estructura mediante métricas de calidad global.

  3. 07

    Obtener entradas relacionadas

    Descubre conformaciones alternativas, mutantes o complejos de la misma proteína que comparten publicaciones.

  4. 08

    Listar residuos

    Obtén un inventario de los nombres y números de los residuos organizados por entidad y cadena.

Set de capacidades03 / 04

09-12

4 capacidades en este set.

Parte de 16 disponibles a través de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 09

    Obtener resumen de entrada

    Consulta un resumen rápido de una entrada PDB usando su ID de 4 caracteres, incluyendo título y resolución.

  2. 10

    Mapeo con UniProt

    Realiza la correspondencia entre las posiciones de la secuencia de UniProt y los números de residuo en PDB.

  3. 11

    Obtener ensamblajes biológicos

    Analiza la estructura cuaternaria para entender si la proteína funciona como monómero, dímero o complejo superior.

  4. 12

    Obtener sitios de unión

    Identifica los residuos del bolsillo de unión de ligandos y sus interacciones, clave para el diseño de fármacos.

Set de capacidades04 / 04

13-16

4 capacidades en este set.

Parte de 16 disponibles a través de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 13

    Obtener ligandos monoméricos

    Consulta IDs químicos, fórmulas y pesos de las moléculas pequeñas unidas en la estructura.

  2. 14

    Obtener publicaciones

    Localiza las citas primarias y los artículos de metodología asociados a una estructura mediante PubMed IDs.

  3. 15

    Obtener estructura secundaria

    Visualiza la asignación de hélices, láminas y giros por residuo para entender la topología del plegamiento.

  4. 16

    Buscar estructuras

    Realiza búsquedas de texto completo sobre organismos, métodos o nombres de proteínas específicos.

Trabajo real

Lo que los equipos ejecutan de verdad

01

Rational Drug Design

Identify specific residues in a binding pocket to model how a new small molecule might interact.

02

Protein Engineering

Compare engineered mutations against wild-type sequences using residue-level data.

03

Literature Review

Quickly find the primary PubMed citations and methodology papers for any PDB entry.

04

Structural Characterization

Verify the quaternary structure of a protein to see if it forms dimers or tetramers.

Automatiza una tarea

Pon PDBe (Protein Data Bank in Europe) a trabajar en una cosa.

Automatizaciones paso a paso que tu IA ejecuta a través de este Connector: el flujo de trabajo, los prompts para empezar y las capabilities exactas detrás de cada paso.

Un connector, todas las IAs

PDBe (Protein Data Bank in Europe) funciona con los clientes de IA más populares.

Estos son los clientes más populares, cada uno con una guía paso a paso: un enlace, configurado una vez, con gobernanza y visibilidad integradas. Y como todo corre sobre el estándar MCP, la misma conexión también funciona en cualquier otro cliente compatible: nada que reconstruir.

ClaudeClaudeChatGPTChatGPTGeminiGeminiPerplexityPerplexityGrokGrokMicrosoft CopilotMicrosoft CopilotCursorCursorVS CodeVS CodeWindsurfWindsurfJetBrainsJetBrainsClineClineLangChainLangChainVercel AI SDKVercel AI SDKLovableLovableZ.aiZ.aiRaycastRaycastQwen CodeQwen CodeKimi CodeKimi CodeLe ChatLe Chat

¿Construyendo tu propia app? El connector es tuyo para usar.

No necesitas un cliente para poner PDBe (Protein Data Bank in Europe) a trabajar: la misma conexión alojada se conecta a tus propias aplicaciones y al código de tu agente, con la misma gobernanza en cada petición. Construye con él, conversa con él: una conexión para ambos.

Observada, no estimada

Promedio de 1047ms. Rápida en producción.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) se verifica a diario contra el servicio en producción.

Promedio diarioPico de 1232ms
3 octHoy
Día más rápido
731ms
Día más lento
1232ms
Tendencia de 14 días
Ralentizando+15%

Conecta tu cliente

Una URL. Todos los clientes.

Activa el Connector, copia tu enlace y pégalo en el cliente que ya usas. 16 capacidades llegan listas para funcionar.

Acceso de vista previa · no es autenticación del proveedor

El token vk_preview_* pertenece a la infraestructura de vista previa de Vinkius. Permite que Claude descubra y muestre las capacidades de PDBe (Protein Data Bank in Europe), para que veas la experiencia dentro de tu IA.

No autentica tu cuenta con PDBe (Protein Data Bank in Europe). Las acciones que requieran credenciales o datos reales de la cuenta podrían no ejecutarse hasta que actives el Connector y autorices el servicio.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Todo listo. Elige tu cliente MCP y sigue las instrucciones de configuración.

Enlace del conectorhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp

Claude Desktop

Sigue los pasos siguientes para conectarte en segundos.

  1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
  2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
  3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.
Configuración · claude_desktop_config.jsonCopiar
{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}
  • Claude
  • ChatGPT
  • Cursor
  • VS Code
  • Windsurf
  • Claude Code
  • JetBrains
  • Cline

Las instrucciones paso a paso para cada cliente están en la guía. Cómo conectar

¿Configuración guiada para Claude? Conectar PDBe (Protein Data Bank in Europe) con Claude y otras IA

Ve todos los clientes de IA con los que funciona este connector ↑

Para quién es

Hecho para el trabajo que quienes usan PDBe (Protein Data Bank in Europe) delegan.

Este MCP está diseñado para profesionales de las ciencias de la vida que requieren acceso rápido a datos estructurales precisos.

  • 01

    Biólogos estructurales

    Para consultar metadatos, evaluaciones de calidad y parámetros experimentales sin descargar archivos de coordenadas.

  • 02

    Científicos de diseño de fármacos

    Para identificar sitios de unión, interacciones de ligandos y cofactores necesarios para el diseño racional de medicamentos.

  • 03

    Bioinformáticos

    Para cruzar datos de secuencias con anotaciones estructurales 3D mediante mapeos de UniProt.

FAQ

Preguntas de quienes usan PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  • 01

    Do I need an API key for PDBe?

    No, this MCP uses the public PDBe REST API, so no personal credentials or keys are required.

  • 02

    Which AI clients can use this MCP?

    You can use this with any MCP-compatible client, including Claude, Cursor, and Windsurf.

  • 03

    Can I search for structures using names instead of PDB IDs?

    Yes, the search_structures capability allows you to use natural language queries for protein names or organisms.

  • 04

    How is the data sourced?

    All data is pulled directly from the official PDBe REST API maintained by EMBL-EBI.

  • 05

    Can this help with UniProt data?

    Yes, the MCP includes capabilities to map UniProt sequence positions to specific PDB residues.

  • 06

    Do I need an API key?

    No. The PDBe API is completely public and requires no authentication. Enter any placeholder value in the API key field to activate the server immediately.

  • 07

    What types of structures are available?

    The PDBe contains over 200,000 experimentally determined 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies. Structures are determined by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy (cryo-EM), NMR spectroscopy, and other methods. This includes enzymes, receptors, antibodies, viral proteins, ribosomes, and drug-target complexes.

  • 08

    Can I find drug binding sites?

    Yes. Use get_binding_sites to retrieve all annotated ligand binding pockets with their constituent residues. Combine with get_ligand_monomers to identify the small molecules bound in the structure, and get_cofactors for prosthetic groups. This workflow is essential for structure-based drug design and virtual screening target preparation.

Explora

Más en The Unthinkable

Sugerencias

Conecta PDBe (Protein Data Bank in Europe) a Claude, Cursor, ChatGPT y más