Do I need an API key to use this MCP?

No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.

What kind of structures can I find?

You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.

Which AI clients can use this?

This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.

Can I search by experimental method?

Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.

How do I identify a specific structure?

You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.

What experimental methods are represented in the PDB?

The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.

Do I need authentication to access PDB data?

No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).

What information does each PDB entry contain?

Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.

An astronaut overseeing a futuristic data hub

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RCSB PDBをChatGPT、Claude、Geminiに接続

一度設定すれば、ChatGPT、Claude、Cursorなど、お気に入りのクライアントでどれでも動きます。すべては裏側で安全に動くので、あなたは安心して本当に大切なことに集中できます。AIエージェントが膨大な生体高分子の構造データへ即座にアクセス

このConnectorについてAIに質問

Vinkiusが開発・運用・ホスティング。

MCP認証済み · 本番環境対応 · Vinkius保証

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

AIが仕事をこなします。私たちが安全に守ります。

他のAIツールではこれは手に入りません。ワークフローはお気に入りのクライアントで動き、アカウントは守られ、エージェントに何を許すかはあなたが決めます。これこそ乗り換えるべき理由です。

すべてのConnectorは当社のインフラストラクチャの中、あなたのワークフローが動くのと同じ場所にあります。下の3つはすでにその一部で、背景で静かに働き、あなたが意識する必要がないようにしてくれます。追加するものも、設定するものも、心配することもありません。

V8 Isolate01

各Connectorは独自の密閉された環境内で実行されます。

各Connectorは独自の封印されたV8ランタイムで実行され、ファイル、システム、他のサーバーへのアクセスはありません。Connectorが自身のリクエストを超えて中身を見ることはありません。

Kill Switch02

1つのスイッチで全エージェントを停止。即座に。

1つのアクションで全Connectorを無効化し、全トークンを失効させ、全セッションを終了します。AI Governanceが記録を保持します。

ユーザーごとのFinOps03

驚きではなく、一時停止する支出制限。

各ユーザーは自身の接続と認証情報を持ち、他から隔離されています。支出制限を超える操作は課金されず、あなたの承認を待ちます。

3つのコントロールが、AIが接続するレイヤーに組み込まれています。

厳選セット · 2機能

届けるのは、本当に必要な動作だけです。

機能セット01 / 01

01-02

このセットには2機能あります。

RCSB PDBで使える2機能の一部です。

01
PDB構造の詳細取得
1HHOや6LU7といった4文字のPDB IDを使用して、実験手法、分解能、結合分子を含む完全な構造詳細を取得します。
02
PDB構造の検索
22万件以上の3D分子構造から、PDB ID、タイトル、実験手法（X線、クライオEM、NMR）、分解能、著者、結合リガンドを検索できます。

実際の業務

チームが実際に回している作業

Target Identification

Search for protein structures associated with specific diseases to begin research.

Ligand Screening

Find co-crystal structures to identify how specific molecules bind to a target protein.

Method Comparison

Query different experimental methods like Cryo-EM or X-ray to compare structural resolutions.

Data Verification

Check the resolution and authorship of a specific PDB entry via your agent.

タスクを自動化

RCSB PDBを一つのタスクに働かせる。

このConnector経由でAIが実行するステップバイステップの自動化：ワークフロー、始めるためのプロンプト、そして一つひとつの動きの裏にある正確な機能。

1つのConnector、すべてのAI

RCSB PDBは、最も人気のあるAIクライアントで動きます。

これは最も人気のあるクライアントで、それぞれにステップバイステップのガイドがあります。リンクは1つ、設定は一度、ガバナンスと可視性は最初から組み込み。しかもすべてMCP標準で動くため、同じ接続は他の対応クライアントでもそのまま使えます。作り直す必要はありません。

自社アプリを作っていますか？Connectorはあなたのもの。

RCSB PDBを働かせるのにクライアントは不要です。同じホストされた接続が、あなたのアプリやエージェントのコードにそのまま組み込め、すべてのリクエストに同じガバナンスが適用されます。作るのも、会話するのも、1つの接続で両方。

実測値、推定値ではない

平均907ms。本番環境で高速。

RCSB PDBは本番サービスに対して毎日チェックされています。

日次平均最大1080ms

10月3日今日

最速日: 730ms
最遅日: 1080ms
14日間の傾向: 遅延傾向+19%

クライアントを接続

1つのURL。すべてのクライアント。

Connectorを有効化し、リンクをコピーして、いつも使うクライアントに貼り付けるだけ。2個の機能がすぐに使えます。

プレビューアクセス · プロバイダー認証ではありません

vk_preview_* トークンは Vinkius のプレビューインフラに属します。Claude が RCSB PDB のケイパビリティを検出して表示できるようにし、AI の中でその体験を確認できます。

このトークンは RCSB PDB のアカウントを認証するものではありません。認証情報や実際のアカウントデータが必要なアクションは、Connector を有効化してサービスを承認するまで実行されない場合があります。

RCSB PDB Connector

準備完了です。MCPクライアントを選択し、セットアップ手順に従ってください。

コネクタリンクhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp

Claude Desktop

以下の手順で数秒で接続できます。

1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
3Click Add and start a new chat — RCSB PDB capabilities are ready to use.

設定 · claude_desktop_config.jsonコピー

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_px4KJXLkPAfRiw8dj06D8ILeCL0RIsHNqISA0zQD/mcp"
    }
  }
}

Claude
ChatGPT
Cursor
VS Code
Windsurf
Claude Code
JetBrains
Cline

各クライアントの手順ガイドはこちらです。接続方法

Claude向けのガイド付きセットアップ？ RCSB PDBをClaudeや他のAIに設定する

このConnectorが対応するすべてのAIクライアントを見る ↑

対象ユーザー

RCSB PDBユーザーが任せたい仕事のために。

構造生物学、創薬、生化学の研究に携わる専門家向けに設計されています。

01
構造生物学者
分子構造の実験メタデータ、分解能、実験手法の詳細に迅速にアクセスできます。
02
創薬チーム
構造ベースの創薬やバーチャルスクリーニングのために、タンパク質とリガンドの共結晶構造を検索できます。
03
生化学を学ぶ学生
アノテーションが付与された実際の実験構造を探索することで、タンパク質の立体構造を深く理解できます。

FAQ

RCSB PDBユーザーからのよくある質問。

01
Do I need an API key to use this MCP?
No, you can start searching molecular structures immediately after connecting without an API key.
02
What kind of structures can I find?
You can access over 220,000 experimentally determined 3D structures for proteins, DNA, and RNA.
03
Which AI clients can use this?
This MCP works with any compatible client, including Claude, Cursor, Windsurf, and VS Code.
04
Can I search by experimental method?
Yes, you can search for structures determined by X-ray, Cryo-EM, or NMR.
05
How do I identify a specific structure?
You can use the 4-character PDB ID, such as 1HHO, to get full structural details.
06
What experimental methods are represented in the PDB?
The PDB contains structures determined by four main methods: X-ray Crystallography (85% of entries, atomic resolution), Cryo-EM (rapidly growing, now 15%+ of new deposits), NMR Spectroscopy (solution-state structures), and Neutron Diffraction (hydrogen atom positions). Each entry lists its method and resolution.
07
Do I need authentication to access PDB data?
No. RCSB PDB is completely free and open. funded by NSF, NIH, DOE, and international partners. All 220K+ structures are openly accessible without any registration or API key. The data is licensed under CC0 (public domain).
08
What information does each PDB entry contain?
Each entry includes: PDB ID (4-character code), structure title, depositing authors, experimental method, resolution in Ångströms, source organism, release date, number of polymer chains, and bound non-polymer ligands (drugs, cofactors, ions). Higher resolution (lower number) means more precise atomic coordinates.