An astronaut overseeing a futuristic data hub
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Conecte Ebi Pdbe ao ChatGPT, Claude e Gemini

Configure uma vez e funcione no ChatGPT, Claude, Cursor e em qualquer outro cliente que você goste. Tudo roda com segurança em segundo plano, para você relaxar e focar no que realmente importa. Explore estruturas de proteínas 3D e interações moleculares com IA.

Pergunte à IA sobre este Connector

Desenvolvido, mantido e hospedado pela Vinkius.

MCP VERIFICADO · PRONTO PARA PRODUÇÃO · GARANTIA VINKIUS

Waiting for input…

Works with modern AI clients that support MCP, including ChatGPT, Claude, Cursor, and more.

ChatGPTClaudeCursorPerplexityGeminiMicrosoft CopilotRaycastMeta AI

A sua IA faz o trabalho. A gente cuida com segurança.

Nenhuma outra ferramenta de IA te dá isso. O seu workflow roda no cliente que você já ama, a sua conta fica protegida, e você decide o que o agente pode e não pode fazer. É a razão completa para mudar de vez.

Cada Connector vive dentro da nossa infraestrutura, no mesmo lugar onde o seu workflow roda. As três coisas abaixo já fazem parte dele, trabalhando silenciosamente em segundo plano para que você nunca precise pensar nelas. Nada para adicionar, nada para configurar, nada com que se preocupar.

A futuristic MCP client docking bay
V8 Isolate01

Cada Connector roda dentro do seu próprio ambiente lacrado.

Cada Connector roda em seu próprio runtime V8 lacrado — sem acesso aos seus arquivos, ao seu sistema ou a outros servidores. Um Connector nunca enxerga além da sua própria requisição.

Kill Switch02

Um interruptor para todos os agentes. Na hora.

Uma única ação desativa todos os Connectors, revoga todos os tokens e encerra todas as sessões de uma vez. A Governança de IA guarda o registro.

FinOps por usuário03

Limites de gastos que pausam em vez de assustar.

Cada usuário tem suas próprias conexões e credenciais, isoladas das dos demais. O que ultrapassar o seu limite de gastos fica aguardando a sua aprovação, em vez de ser cobrado.

Três controles, embutidos na camada pela qual sua IA se conecta.

Conjunto curado · 16 capacidades

Entregamos só as ações que importam.

Conjunto de capacidades01 / 04

01-04

4 capacidades neste conjunto.

Parte de 16 disponíveis através de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 01

    Obter cofatores

    Recupera anotações de cofatores como heme, NAD+, FAD e íons metálicos, essenciais para a catálise enzimática.

  2. 02

    Ver detalhes do experimento

    Fornece detalhes sobre os métodos experimentais utilizados para determinar uma estrutura específica.

  3. 03

    Listar resíduos modificados

    Identifica aminoácidos e nucleotídeos não padrão, mostrando o ID do composto pai e o nome da modificação.

  4. 04

    Consultar moléculas

    Retorna IDs de entidades, tipos de moléculas, nomes, cadeias, comprimentos de sequência e pesos moleculares.

Conjunto de capacidades02 / 04

05-08

4 capacidades neste conjunto.

Parte de 16 disponíveis através de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 05

    Ver resíduos mutados

    Compara a sequência mutada com a selvagem, mostrando o resíduo original, o mutado, a cadeia e a posição.

  2. 06

    Avaliar qualidade estrutural

    Fornece métricas de qualidade global para verificar a confiabilidade de uma estrutura determinada.

  3. 07

    Buscar entradas relacionadas

    Permite descobrir conformações alternativas, mutantes ou complexos da mesma proteína através de entradas PDB relacionadas.

  4. 08

    Listar inventário de resíduos

    Exibe nomes e números de resíduos organizados por entidade e cadeia, com uma amostra dos primeiros 20 resíduos.

Conjunto de capacidades03 / 04

09-12

4 capacidades neste conjunto.

Parte de 16 disponíveis através de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 09

    Resumo da entrada PDB

    Fornece um resumo rápido usando um ID de 4 caracteres, incluindo título, autores e resolução.

  2. 10

    Mapear UniProt para PDB

    Cruza dados de sequências UniProt com posições de resíduos no PDB, incluindo atribuições de cadeia.

  3. 11

    Ver montagens biológicas

    Analisa a estrutura quaternária, informando se a proteína funciona como monômero, dímero ou complexos maiores.

  4. 12

    Identificar sítios de ligação

    Localiza resíduos de sítios de ligação de ligantes e suas interações, fundamental para docking molecular.

Conjunto de capacidades04 / 04

13-16

4 capacidades neste conjunto.

Parte de 16 disponíveis através de PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  1. 13

    Listar monômeros de ligantes

    Retorna IDs químicos, fórmulas e pesos de pequenas moléculas ligadas à estrutura.

  2. 14

    Buscar publicações

    Encontra citações primárias, IDs do PubMed e estudos estruturais relacionados a uma entrada.

  3. 15

    Analisar estrutura secundária

    Mostra a contagem de hélices e folhas por cadeia para entender a topologia do dobramento proteico.

  4. 16

    Pesquisar estruturas PDB

    Realiza buscas por texto completo usando termos como nomes de organismos ou tipos de receptores.

Trabalho real

O que as equipes executam de verdade

01

Rational Drug Design

Identify specific residues in a binding pocket to model how a new small molecule might interact.

02

Protein Engineering

Compare engineered mutations against wild-type sequences using residue-level data.

03

Literature Review

Quickly find the primary PubMed citations and methodology papers for any PDB entry.

04

Structural Characterization

Verify the quaternary structure of a protein to see if it forms dimers or tetramers.

Automatize uma tarefa

Coloque PDBe (Protein Data Bank in Europe) para trabalhar em uma coisa.

Automações passo a passo que sua IA executa por este Connector: o fluxo, os prompts para começar e as capabilities exatas por trás de cada passo.

Um connector, todas as IAs

PDBe (Protein Data Bank in Europe) funciona com os clientes de IA mais populares.

Estes são os clientes mais populares, cada um com um guia passo a passo: um link, configurado uma vez, com governança e visibilidade embutidas. E como tudo roda no padrão MCP, a mesma conexão também funciona em qualquer outro cliente compatível — nada para reconstruir.

ClaudeClaudeChatGPTChatGPTGeminiGeminiPerplexityPerplexityGrokGrokMicrosoft CopilotMicrosoft CopilotCursorCursorVS CodeVS CodeWindsurfWindsurfJetBrainsJetBrainsClineClineLangChainLangChainVercel AI SDKVercel AI SDKLovableLovableZ.aiZ.aiRaycastRaycastQwen CodeQwen CodeKimi CodeKimi CodeLe ChatLe Chat

Construindo o seu próprio app? O connector é seu para usar.

Você não precisa de um cliente para colocar PDBe (Protein Data Bank in Europe) para trabalhar: a mesma conexão hospedada entra nas suas aplicações e no código do seu agente, com a mesma governança em cada pedido. Construa com ele, converse com ele — uma conexão para os dois.

Observada, não estimada

Média de 1047ms. Rápida em produção.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) é verificado diariamente contra o serviço em produção.

Média diáriaPico de 1232ms
3 de out.Hoje
Dia mais rápido
731ms
Dia mais lento
1232ms
Tendência de 14 dias
Desacelerando+15%

Conecte seu cliente

Uma URL. Todos os clientes.

Ative o Connector, copie seu link e cole no cliente que você já usa. 16 capacidades chegam prontas para rodar.

Acesso de prévia · não é autenticação no provedor

O token vk_preview_* pertence à infraestrutura de prévia da Vinkius. Ele permite que o Claude descubra e exiba as capacidades de PDBe (Protein Data Bank in Europe), para você ver a experiência dentro da sua IA.

Ele não autentica a sua conta com PDBe (Protein Data Bank in Europe). Ações que exigem credenciais ou dados reais da conta podem não ser executadas até que você ative o Connector e autorize o serviço.

PDBe (Protein Data Bank in Europe) Connector

Tudo pronto. Escolha seu cliente MCP e siga as instruções de configuração.

Link do conectorhttps://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp

Claude Desktop

Siga os passos abaixo para conectar em segundos.

  1. 1In Claude Desktop, open Settings → Connectors.
  2. 2Click “Add custom connector” and paste the connector link above as the remote MCP server URL.
  3. 3Click Add and start a new chat — PDBe (Protein Data Bank in Europe) capabilities are ready to use.
Configuração · claude_desktop_config.jsonCopiar
{
  "mcpServers": {
    "ebi-pdbe-mcp": {
      "url": "https://edge.vinkius.com/vk_preview_bI09khwqGh15yaAARSveb5XxpbscMGTIKjQ4vrCZ/mcp"
    }
  }
}
  • Claude
  • ChatGPT
  • Cursor
  • VS Code
  • Windsurf
  • Claude Code
  • JetBrains
  • Cline

Instruções passo a passo para cada cliente estão no guia. Como conectar

Configuração guiada para o Claude? Configurar PDBe (Protein Data Bank in Europe) no Claude e outras IAs

Veja todos os clientes de IA com quem este connector funciona ↑

Para quem é

Feito para o trabalho que quem usa PDBe (Protein Data Bank in Europe) delega.

Ferramenta projetada para pesquisadores que lidam com dados estruturais de proteínas e interações moleculares.

  • 01

    Biólogos Estruturais

    Para obter metadados de estrutura, avaliações de qualidade e parâmetros experimentais sem baixar arquivos de coordenadas.

  • 02

    Cientistas de Descoberta de Fármacos

    Para identificar sítios de ligação, interações de ligantes e cofatores para o design racional de medicamentos.

  • 03

    Bioinformatas

    Para cruzar dados de sequências com anotações estruturais 3D via mapeamentos UniProt.

FAQ

Perguntas de quem usa PDBe (Protein Data Bank in Europe).

  • 01

    Do I need an API key for PDBe?

    No, this MCP uses the public PDBe REST API, so no personal credentials or keys are required.

  • 02

    Which AI clients can use this MCP?

    You can use this with any MCP-compatible client, including Claude, Cursor, and Windsurf.

  • 03

    Can I search for structures using names instead of PDB IDs?

    Yes, the search_structures capability allows you to use natural language queries for protein names or organisms.

  • 04

    How is the data sourced?

    All data is pulled directly from the official PDBe REST API maintained by EMBL-EBI.

  • 05

    Can this help with UniProt data?

    Yes, the MCP includes capabilities to map UniProt sequence positions to specific PDB residues.

  • 06

    Do I need an API key?

    No. The PDBe API is completely public and requires no authentication. Enter any placeholder value in the API key field to activate the server immediately.

  • 07

    What types of structures are available?

    The PDBe contains over 200,000 experimentally determined 3D structures of proteins, nucleic acids, and complex assemblies. Structures are determined by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy (cryo-EM), NMR spectroscopy, and other methods. This includes enzymes, receptors, antibodies, viral proteins, ribosomes, and drug-target complexes.

  • 08

    Can I find drug binding sites?

    Yes. Use get_binding_sites to retrieve all annotated ligand binding pockets with their constituent residues. Combine with get_ligand_monomers to identify the small molecules bound in the structure, and get_cofactors for prosthetic groups. This workflow is essential for structure-based drug design and virtual screening target preparation.

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